Hi ha vestigis prehistòrics, pintures rupestres i materials lítics a les serralades del terme. Això fa pensar que es trobaven habitades ja en aquell temps.

La població és probablement d'origen àrab, ja que el nom deriva d'Alfahar, que significa terrisseria, la qual cosa indica que possiblement existia en aquest lloc un nucli de població dedicat a les feines de fang.

L'any 1480 Alfara acollí als habitants del lloc de Carles, situat a uns sis quilòmetres. El poblat de Carles, anomenat antigament Castles, es troba documentat ja l'any 1148, després de la Reconquesta, pels serveis que li havia prestat.

L'any 1237 Ramon de Sentmenat otorga Carta de Poblament al lloc de Carles, el qual era regit per les "Constitucions de Cathalunya o per Usatges de Barchinona".

L'any 1479 el lloc de Carles sofrí una greu epidèmia. Els supervivents abandonaren la població i passaren l'any següent a viure a Alfara, que per aquest motiu s'anomena Alfara de Carles.

A principis del segle XV, Elionor de Fluvià, vidua de Pere de Setmenat, tercer d'aquest nom , hereva del poblat i Castell de Carles, i pel fet de no tenir descendència, vengué aquestes propietats a la ciutat de Tortosa. Per aquest motiu la baronia d'Alfara i Carles, estigué des d'aleshores vinculada a Tortosa. A poc a poc s'imposaren en aquest territori les lleis del "Llibre de Costums".

En el segle XVI la Baronia d'Alfara i Carles passà a mans de mossèn Cristòfol Despuig, autor dels famosos col.loquis escrits l'any 1557.

En el segle XIX, la població experimentà un fort increment demogràfic, a causa de l'existència d'importants indústries de paper, vidre i teixits, a la zona del Toscà, que aprofitaven l'abundàcia d'aigua que hi ha en aquella zona.

La Festa Major d'Alfara té lloc per Sant Agustí, amb actes típics de Festa Major i d'altres més tradicionals com són el repartiment del panoli, els bous i la processó en honor de Sant Agustí.

També per Sant Julià se celebra festa a l'ermita, té lloc una romeria i una processó amb la imatge del Sant pels voltants de la plaça de l'ermita. Al migdia es fa un dinar a la zona de Toscà, amb la participació de tot el poble.

Alfara és un pintoresc poble de muntanya, amb carrers típics i estrets. Els seus voltants tenen també la bellesa pròpia de les zones muntanyenques, amb bonics paratges, coves i refugis que atrauen els visitants desitjosos de gaudir de la naturalesa. L'abundància d'aigua en algunes zones del terme les converteix en indrets de visita obligada pels amants de la muntanya. Una de les fonts naturals més importants del terme és la de l'Ullal, les aigües de la qual ragen en forma de cascada.

Quant a les construccions de més interès, cal destacar les restes de l'antic castell de Carles i l'ermita de Sant Julià, que fou l'antiga església parroquial de Carles.

L'església d'Alfara està dedicada a Sant Agustí i fou acabada l'any 1790.